生物制药的上游制药基础主要是由原材料、制药设备以及生物技术构成，其中，原材料主要以天然的生物材料为主，包括微生物、人体、动物、植物、海洋生物等;生物制药设备主要有生物反应器、培养基、灭菌设备、冷冻机等，其中生物反应器为生物制药最核心且最关键的设备。产业链中游是生物制药的研发生产环节，生物制药的产品主要包括单克隆抗体星空体育app下载、疫苗、重组蛋白、血液制品、诊断试剂等。下游流通消费层主要是医药的销售和消费。生物医药外包服务CRO、CMO和CSO涉及生物制药产业链中下游。
随着生物制药产业的蓬勃发展，中国生物制药设备市场需求也进一步扩大。但充满机遇的同时，生物制药设备行业面临着较大的挑战，设备中高端市场缺位较严重，行业整体创新能力比较弱，药企对国产生物制药设备的信任度较低，生物制药的中高端设备主要依赖于进口。生物制药设备的市场份额大部分被欧美日企占据，中国的生物制药设备受制于人，迫切需要摆脱生物制药源头依赖。生物制药设备龙头企业有赛多利斯、东富龙、楚天科技、通用电气等。
生物制药产业链的中游研发制造层涌现了一批优秀的生物制药企业，如药明康德、药明生物、百济神州、中国生物、康泰生物、华兰生物、康龙化成、万泰生物药业、甘李药业、君实生物等。
根据上海仁会生物制药股份有限公司招股书的数据显示，生物制药行业制造费用所占成本最高，其次是直接人工。制造费用主要包括生产及辅助部门的间接人员薪酬、折旧费、能源成本等相关费用。
生物制药行业由供应端、制造端与销售端共同作用而成，并逐级传导。供应端的成本价格包括原材料及机器设备成本、人力价格等，传导至制造端成为生产成本，制造端综合供需溢价、研发成本和企业利润，形成“制造端价格”传导至销售端，再经过企业销售传导至消费者，而消费市场需求弹性也反作用于供应端、制造端与销售端，形成“价格-需求-价格”的传导路径来影响生物制药市场的定价。
生物制药行业的价值链条包括其上游的原材料和生产设备、中间环节即生物制药企业的研发和生产、下游环节即消费者三大主体。生物制药企业研发和生产在行业中处于优势地位，在行业价值链中生物制药企业所占利润较高。
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